En el año 1970 la ciudad de Ibagué se preparaba para celebrar los Novenos Juegos Atléticos Nacionales y el Instituto de Crédito Territorial, impulsó la creación de una sede que sirviera para albergar a los deportistas participantes de dichos juegos. La sede fue ubicada en la carrera 5ª con calle 69, manzana 12 de la Sexta Etapa del Barrio Jordán. Terminado el evento deportivo, los habitantes de las diversas etapas del Barrio Jordán, solicitaron ante los entes gubernamentales la donación de la planta física, con el fin de hacer viable el proyecto de organizar una escuela que permitiera la atención a tantos niños y niñas de dicho sector que se encontraban sin estudio. Esta petición se hizo realidad, abriendo las puertas a una nueva escuela para la ciudad de Ibagué con el nombre de ESCUELA MISAEL PASTRANA BORRERO. La escuela inició con un grupo de 560 estudiantes repartidos en dos jornadas y con 18 docentes. Su primer director fue el señor Juvenal Arias, fue sucedido por Nibardo Carrillo, y éste, por Afranio Paramo quienes se desempeñaron como directores únicos para las dos jornadas.
En el año 1975 la escuela contó con dos administraciones: una en la jornada mañana a cargo de Gioconda Caminos de Carvajal y otra en la tarde dirigida por Maximiliano Buendía. En 1976 se genera la necesidad de formar el preescolar y en el año 1984 se adecua un aula especial, en este mismo año la administración de la jornada tardé se delegó en la señora Luz Marina López de Díaz. En el año 1988 comenzó a funcionar en los predios de la institución, el núcleo No 6 llamado “Los Pijaos” con su primera directora Martha Brígida Rojas de Vera quien laboró hasta el año 2001, fecha en la que se retira y es reemplazado por el actual jefe de núcleo el Especialista Leonel Torres. En el 1994 a solicitud de la comunidad educativa, es cambiado el nombre o la razón social a la Institución, quedando, así: en la jornada mañana CENTRO ESCOLAR LOS ARRAYANES, con aprobación del Consejo Municipal, bajo el Decreto No 000602 del 29 de junio de 1994 y en la jornada tarde el nombre de INSTITUTO DOCENTE BEATRIZ GÓMEZ DE PÉREZ mediante el Decreto No 000941 del 94 de la Secretaria de Educación Municipal. Por encontrarse en una zona estratégica de la ciudad, La Institución comienza a tener mucha relevancia e importancia para el sector, aumentando la cobertura y ampliando sus servicios, en ese momento la escuela cuenta con un número de casi 700 estudiantes provenientes de las etapas 3º, 4º, 6º, 7º, 8º y 9º del B/ Jordán, y de los barrios Gaviota, Pedregal, Cañaveral, Entrerrios, Orquídeas, Edén, Ambalá, Gaitán, Ciudad Luz, Valparaíso, San Francisco, Jardín Santander, Topacio, Tulio Varón, Pacandé, Mirolindo y Picaleña entre otros. En el año 1996 acogiéndose a la Ley General de Educación se amplió la cobertura educativa, se dio inicio al nivel de básica secundaria con el sexto grado proyectándolo en forma paulatina al grado noveno. A partir del año 1998 ejerce las funciones como Directora la Especialista Luz Mariela Nieto Cataño, en la jornada de la mañana y en la tarde la Señora Luz Marina López de Díaz. En ese mismo año se crea el cargo de coordinadora, nombrando a la Licenciada Graciela Palacios en la jornada de la mañana y en la jornada de la tarde a la Señora Carmen Rosa Zamora. En el ámbito deportivo la Institución Educativa“ Los Arrayanes”, con el gran compromiso, sentido de pertenencia, entrega y espíritu deportivo de la docente María Noctolia Machado de Cuadros logró obtener meritorios triunfos y posiciones destacadas en el ámbito regional y nacional entre otros: primera participación en el Tolima en gimnasia nacional, la tercera de la Nación en 1987, obteniendo destacadas posiciones y preseas departamentales en el Nado Sincronizado, campeones departamentales en Ajedrez y Atletismo, campeones nacionales masculino tercer puesto femenino en gimnasia en los inter-escolares de Medellín en 1994 donde también se obtuvo el subcampeonato femenino en tenis de mesa etc.
El 6 de abril de 1998 se dotó un aula de informática con 12 computadores comprados por la comunidad educativa de las dos jornadas, mientras que en el año de 1999 se adaptó un salón para el laboratorio de Biología. En este mismo año, la Secretaría de Educación nombró a la señora Luz Dary Triana como la primera secretaria habilitada. Se reconocen oficialmente los estudios de la jornada mañana en los niveles de preescolar y básica primaria y secundaria, grados de primero a octavo con la Resolución 1477 del 19 de noviembre de 1998, jornada tarde Resolución 1435 del 17 de noviembre de 1998. Con la Resolución 1179 del 26 de noviembre de 1999, se reconoce con carácter oficial un establecimiento educativo en los niveles de preescolar, básica primaria y Básica Secundaria, en cumplimiento de requisitos establecidos en el decreto 1860 del 3 de agosto de 1994. En el año 2002 se fusionó el Centro de Educación de Adultos Beatriz Gómez de Pérez Nocturno con el Instituto Docente “Los Arrayanes” del Municipio de Ibagué, según resolución No 0088 del 30 de enero, nombrándose como rectora a la Especialista Luz Mariela Nieto Castaño. En el 2003 mediante Decreto fue fusionada la Institución con sus tres jornadas, con el nombre de Institución Educativa “Beatriz Gómez de Pérez” bajo el decreto No 0429 del 14 de mayo de 2003 siendo nombrada Rectora única a la especialista Esperanza Gómez Caicedo. Dando cumplimiento al artículo 67 de La Constitución Política De Colombia de 1991 y a la Ley 115 de 1994 fue creada el Instituto Docente “Los Arrayanes” que se encuentra registrado ante la Secretaría de Educación y Cultura con el No 121092 y ante el DANE No 173001010100 y NIT 809000606 - 9. En el año 2005 se realiza la primera Promoción de Bachilleres Académicos EL 29 de junio del 2010 mediante Resolución 71-1057 se ordenó el cambio de la razón social de la Institución Educativa Beatriz Gómez de Pérez por Institución Educativa San José, en cabeza de la Sra. ELIZABETH PATRICIA GALLO BOHÓRQUEZ, rectora de la institución educativa.
Con la Resolución 7102440 del 23 de noviembre de 2011, se reconoce con carácter oficial un establecimiento educativo en los niveles de preescolar, básica primaria, y básica secundaria, la educación de adultos ciclo II, III, IV, V y VI en cumplimiento de requisitos establecidos en el decreto 1860 del 3 de agosto de 1994 y el decreto 3011 del 19 de diciembre de 1997 En el año 2012 la Secretaría de Educación nombró como primera coordinadora de la jornada tarde a la señora Fabiola Jiménez Cabrera, logrando de esa manera el acompañamiento de dos (2) coordinadores para la institución educativa. El 1 de octubre de 2012 la institución adquirió 30 computadores portátiles otorgados por computadores para educar, para la sala de cómputo Juliana Velandia y 10 computadores portátiles para la sala de informática. A partir del año 2013 mediante la gestión de su rectora la Sra. ELIZABETH PATRICIA GALLO BOHÓRQUEZ la Institución educativa cuenta con una Banda Marcial infantil. destacándose con sus presentaciones en los diversos actos culturales realizados dentro y fuera de la institución. Con la Resolución 710003122 del 17de noviembre de 2014, se reconoce con carácter oficial un establecimiento educativo en los niveles de preescolar, básica primaria, y básica secundaria, la educación de adultos ciclo II III IV V y VI en cumplimiento de requisitos establecidos en el decreto 1860 del 3 de agosto de 1994 y 3011 del 19 de diciembre de 1997. A partir de marzo del año 2015 asume como rector de la Institución educativa el Especialista SANTIAGO PRADA PRADO. A partir del año 2015 la Institucion se ha visto favorecida con el acompañamiento del programa del .M.E.N “TODOS A APRENDER” P.T.A, es por ello que la secretaría de educación nombra un docente en una de las dos áreas (lengua castellana y/o matemáticas) para hacer acompañamiento a docentes y estudiantes de la básica primaria jornada mañana y jornada tarde; acompañamiento que permite mejorar el desempeño en las pruebas saber de básica primaria y secundaria. Con la Resolución 002660 del 11 de noviembre de 2016, se reconoce con carácter oficial un establecimiento educativo en los niveles de preescolar, básica primaria, y básica secundaria, la educación de adultos ciclo III IV V y VI en cumplimiento de requisitos establecidos en el decreto 1860 del 3 de agosto de 1994 y 3011 del 19 de diciembre de 1997.
A partir de año 2016 la Institución Educativa participa de los juegos SUPERATE en la disciplina de football juvenil y microfootball, resultando campeón municipal,departamental y regional (zona sur) el año 2018 y campeón municipal, departamental, regional(zona centro- sur) y nacional en el año 2019. A partir de año 2016 mediante la gestión del sr rector Especialista SANTIAGO PRADA PRADO la institución educativa ha realizado convenios interinstitucionales con el fin de preparar adecuadamente a los estudiantes de la educación media (grados 10º y 11º) para la presentación de la prueba SABER11, logrando que sus resultados hayan mejorado y al mismo tiempo el Índice Sintético de Calidad, permitiendo que la institución educativa sea categorizada en ALTO de acuerdo a lo estipulado por el M.E.N. En el año 2016 se logra la aprobación del bachillerato académico con énfasis en Ciencias Naturales, con el fin de apoyar a los niños, niñas y jóvenes para que en jornada contraria puedan asistir a sus entrenamientos en deportes, música, arte y canto de acuerdo a sus intereses. A partir de año 2016 la Secretaria de Educación Municipal considerando que en la comunidad educativa Joseista se atienden casos de estudiantes con discacidad, con necesidades educativas especiales y que hacen parte de la educación inclusiva, realizó convenio con ASINVITOL y nombró una profesional de apoyo para realizar acompañamiento a población estudiantil , padres de familia y docentes. En el año 2018 se conforma y se legaliza ante la Cámara de Comercio la junta de ASOCIACION DE PADRES JOSEISTA. En el año 2018 la Secretaría de Educación nombró para la institución educativa como primera docente orientadora a la Dra. Sandra Milena Rodríguez Valencia. Con la Resolución 003724 del 18 de noviembre de 2019, se reconoce con carácter oficial un establecimiento educativo en los niveles de preescolar, básica primaria, y básica secundaria, la educación de adultos ciclo III IV V y VI en cumplimiento de requisitos establecidos en el decreto 1860 del 3 de agosto de 1994 y 3011 del 19 de diciembre de 1997 Para el año 2019 se le dio continuidad al programa del PTA con el acompañamiento de una triada conformada por un docente de comunicación: GIOVANNY REYES, uno de resolución de problemas WILLIAM ORTEGON y uno de educación inicial DIANA CIFUENTES, de estos tres docentes uno es asignado como docente residente, el cual trabaja 3 semanas consecutivas dándole fortalecimiento al área de formación y los otros 2 asisten a la I.E una semana para coordinar los progresos en las áreas que lideran. La institución educativa en la actualidad ofrece formación en la Educación Media, Modalidad Académica, con profundizaciones en, Ciencias Naturales y en la media técnica, en Sistemas, Logistica Empresarial y Asistencia Administrativa
En su nómina cuenta con 39 docentes, 5 administrativos, 2 coordinadoras, 1 docente orientador y un Rector. Hoy en día la cobertura de servicio de preescolar, los nueve grados de educación básica y los dos grados de educación media los ofrece a través de 35 grupos con una población aproximada de 920.Asi mismo se ofrece con 5 grupos el servicio de educación para adultos o CLEI en la jornada nocturna en los ciclo III IV V y VI. En los primeros 50 años de existencia de la institución se han venido utilizando las aulas dormitorios con capacidad de 30 estudiantes por aula, en vista a esta situación, la Secretaria de Educación Municipal, decide incluir la institución en el programa de jornada única del MEN y al proyecto FFIE Fondo Financiero de Infraestructuras Escolares, para la construcción de la nueva planta física El proceso de demolición y construcción se encuentra actualmente en desarrollo y por esta razón, la Secretaria de Educación autorizó el trasladó a la antigua sede de la Institución Educativa Juan Lozano y Lozano, sin las condiciones óptimas de bioseguridad en aulas y unidades sanitarias establecidas por la emergencia sanitaria por le pandemia del COVID -19 para garantizar el regreso a la presencialidad lo cual, nos ha obligado a continuar el proceso educativo en casa mediado con ambientes virtuales de aprendizaje.